1.嗜热链球菌：
嗜热链球菌(Streptococcus thermophiles)是发酵乳中主要的发酵菌株，链球菌属，是兼性厌氧的革兰氏阳性菌，较适作用温度为37度~42度，较适pH6.8。它生长繁殖快，酸化活力高，发酵性能稳定，可以缩短发酵乳的凝乳时间，改善产品质地。同时，嗜热链球菌是发酵乳中主要风味物质产生菌，在发酵过程中能够产生己酸、乙偶姻、双乙酰和乙醛等挥发性化合物，赋予制品优良的风味。
2.保加利亚乳杆菌（德氏乳杆菌保加利亚亚种）
德氏乳杆菌保加利亚亚种(Lac. delbrueckii subsp. bulgaricus)也是重要的发酵菌株，乳酸杆菌属，是兼性厌氧菌，较适生长温度37度~43度。该菌是乳酸菌中产酸能力较强的菌种，适宜在酸性条件下启动生长（pH5.5~6.2），发酵速度快。德氏乳杆菌保加利亚亚种耐酸性强，是导致发酵乳过度发酵和后酸化的主要菌株，鉴于此，大多数发酵乳中，保加利亚乳杆菌通常与嗜热链球菌配合使用，球菌和杆菌的比例为1:1或者2:1，不让杆菌占优势，防止酸度太高。
3.乳双歧杆菌
乳双歧杆菌（Bifidobacterium animalis）是发酵乳产品中广泛使用的益生菌株，双歧杆菌属，革兰氏阳性严格厌氧菌，较适生长温度37度~41度。乳双歧杆菌在乳中生长缓慢，产酸能力弱，不是典型的发酵菌，但它是人和动物肠道中重要的生理性细菌，参与免疫、营养、消化和保护等一系列生理过程，具有生物屏障、免疫增强和改善胃肠道等功能。
4.植物乳杆菌
植物乳杆菌 (Lactobacillus plantarum) 具有良好的发酵能力和益生功能，多用做辅助发酵剂，乳杆菌属，厌氧或兼性厌氧，较适生长温度30度~35度，较适pH6.5左右。植物乳杆菌存活能力和产酸能力强，耐盐，发酵过程中可产生乳酸杆菌素，具有抑菌作用。植物乳杆菌属于公认的益生菌，具有免疫调节、降低血清胆固醇含量、维持肠道内菌群平衡及吸附重金属等功能。
5.嗜酸乳杆菌
嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)是人体肠道内的重要微生物，乳杆菌属，厌氧或兼性厌氧，较适温度37度~38度，较适pH5.5~6.0。嗜酸乳杆菌耐酸、耐胆盐特性突出，存活率高，能够顺利到达肠道定殖，具有降血脂、降低胆固醇、调节肠道菌群、提升机体免疫力等作用，被视为第三代酸奶发酵剂。